编写GUI的BRCAPRO肿瘤的基因风险计算引擎

我认为这是对堆栈溢出一个完全独特的问题。 首先是一些背景:

我被要求写一个叫BRCAPRO(布拉克-A-PRO)的计算引擎之上的新的图形用户界面。 BRCAPRO实现了基于一个软件叫BayesMendel孟德尔计算模型。 BRCAPRO计算所使用的医生和外科医生专门研究癌症治疗显示患者:

  • 的概率是基于他们的基因和家族史诊断出癌症。
  • 基于不同形式的治疗和/或在哪些这些处理开始的年龄在预期寿命的变化。

我已经做了足够的研究知道,BRCAPRO公式过于复杂,在我自己的代码来合理地实施。

有一个叫CancerGene现有驰名(癌症医生)软件包:http://www8.utsouthwestern.edu/utsw/cda/dept47829/files/65844.html。 这个方案是非常古老的,运行于Windows 95和包括计算引擎几种癌症我的客户不一起工作。 理想的情况是我的客户都希望自己的应用程序在网络上运行,以便他可以轻松地共享与其他医生的信息。

我的任务是把CancerGene应用程序,这是建立在BRCAPRO发动机,和:

  1. 重复90%的它的功能
  2. 删除不必要的功能
  3. 修改的报告的输出
  4. 如果可能的话,使之基于web的

现在我的问题:

没有任何人有任何想法如何编写针对BRCAPRO? 我用Google搜索了两天,发现任何形式的API文档或开发的信息。 维基百科说,BayesMendel建模软件是用R,但我没有任何想法BRCAPRO写的,我知道绝对没有R.

需要明确的是,我并不需要修改的行为或BRCAPRO的计算引擎。 我只需要知道如何让它返回号码我给它输入。

- 编辑添加更多的信息 -

我下载在上面的链接CancerGene应用程序并安装它。 有少量的文档,包括BRCAPRO希望接收的数据格式。 没有进入细节的不必要的水平,BRCAPRO期望矩阵格式的数据,其中每一列代表一个遗传性状和每一行代表一个家庭成员。 现在我只需要知道如何当我从我的网站/ Windows窗体收集它这个矩阵传递到BRCAPRO引擎。

在这里希望有一对夫妇在这里对堆栈溢出医生/开发者!

KN

--------------解决方案-------------

根据此链接:

该BRCAPRO模型现在包括在R包BayesMendel为载体probabiity(原文如此)的预测。

因此,它看起来像你从R.使用

而至少可能让你开始为BayesMendel包的文档。 虽然它看起来像你将不得不学习R. :)

我不认为任何人都可以适应代码为一个完整的应用程序到一个小窗口,但我会给你一些思考的基础上,我怎么可能处理这个:

  1. 安装R
  2. 安装BayesMendel包-包括BRCAPRO程序
  3. 安装RPy -一个Python到-R桥
  4. RPy的基于Python代码,使您的数据导入R把它变成一个数据帧,并分析该数据帧的BRCAPRO组件BayesMendel
  5. 桥接的分析输出BayesMendelbrcaResults你写的类
  6. 总结访问到你的brcaResults类的图形用户界面,使用许多Python GUI框架的任何一个

这就是要做到这一点的一种方法的概述。

这种方法的好处是,这应该是容易粘上在一起,随时掌握最新与新BRCAPRO功能。

分类:ř 时间:2012-01-01 人气:1
本文关键词: R,遗传学
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